Este estudio analiza la relación entre los homicidios causados por el conflicto armado y la eficiencia educativa en 912 municipios de Colombia entre 2014 y 2018, utilizando los resultados de la prueba estandarizada Saber 11 y las tasas de aprobación escolar. El objetivo principal es calcular la posible pérdida de eficiencia en los municipios debido al conflicto armado; para ello, se aplica un enfoque robusto no paramétrico condicionado, incorporando el conflicto armado como una variable ambiental. Los resultados muestran, principalmente, que las muertes por conflicto armado en el municipio están asociadas con una menor eficiencia educativa; además, se encuentra que el conflicto tanto en los municipios locales como en los vecinos está significativamente correlacionado con el nivel de ineficiencia educativa.